En 1796 el entonces Ministro de la Real Hacienda, don Rafael Pérez del Puerto inicia un expediente, solicitando a la Corona Española un auxilio económico a los efectos de construir una iglesia matriz.
El motivo era el crecimiento de la población, contando inclusive familias procedentes de España.
Para la construcción también se estableció un impuesto a los cueros vacunos que se vendían en Maldonado y cuyo producido se destinaría entre las parroquias de Maldonado y San Carlos. La nueva iglesia comienza su construcción en 1801, sin tener certeza sobre el autor de los planos. El historiador Jesuita Padre Guillermo Furlong, le atribuye el proyecto al ingeniero José Custodio de Saa y Faría, portugués al servicio de España.
Los materiales empleados fueron ladrillo, cal y piedra. La obra se desarrolló a buen ritmo hasta 1806, fecha en que se producen las invasiones inglesas. Por este hecho la construcción se paraliza totalmente y se produce un saqueo importante, de herramientas, tablones, andamios, etc.
Durante la Guerra Grande (1843 a 1851) la iglesia inconclusa se destinó a cuartel de caballería, colocándose varios cañones sobre el techo del atrio. En 1854 el Gobierno dispuso que parte de lo recaudado por la explotación de lobos marinos, fuera destinado a la continuación de la construcción. Recién en 1883 se retoman los trabajos con cierta regularidad, bajo el impulso del sacerdote Pedro Podestá (natural de Maldonado, nacido en 1846 en Isla Gorriti). A pesar de haber demorado ochenta años en terminarse, la iglesia no sufrió modificaciones del proyecto original.
El 27 de octubre de 1895, el Obispo Dr. Mariano Soler procede a la consagración del Templo, en una emotiva ceremonia, donde se reunieron: autoridades, clero y vecinos de Maldonado. El Presbítero Podestá fue a su vez, quien se interesó , para que la Parroquia pasara a manos de los Padres Capuchinos. Luego de reunirlos y presentar su petición, logra que esta congregación se haga cargo de regentearla, a partir de 1906.
En la catedral se encuentra el archivo más antiguo de la ciudad, conteniendo los libros de casamientos, nacimientos, bautismos, comunión, y defunciones. También se pueden obtener interesantes datos sobre indígenas cristianizados, esclavos africanos y adopciones. Constituye una de las fuentes más trascendentes para el estudio del período colonial hasta la modernización.
Con 117 años de vida la Iglesia de Maldonado ha constituido un referente de la ciudad.
De estilo barroco, es obra del ebanista español Antonio Veiga (natural de Vigo, Galicia). Veiga se radicó en la ciudad de Pando, donde desarrolló su arte en forma autodidacta, realizando altares para las iglesias de Santa Lucía y de la propia ciudad donde vivía. Su labor fue desarrollada con gran dificultad, debido a la falta de herramientas y medios económicos. En 1872 comienza a construir un gran altar que tendría como destino final la nueva Iglesia de Maldonado (1894), luego de un azaroso proceso.
La historia de este altar se remonta a una visita que realizara el General Máximo Santos, a la villa de Pando, donde conoce el taller del artista. Admirado por la obra en preparación, decide brindarle apoyo económico para una pronta culminación. Para avalar su decisión, encomendó al Director de la Escuela de Artes y Oficios de Montevideo, visitarlo y determinar si este altar podría ser objeto de presentación en la Exposición Continental a realizarse en Buenos Aires (1882). Es así que la obra llega a muestra argentina, logrando obtener dos importantes premios.
De vuelta al puerto de Montevideo, el altar quedó embalado y abandonado en la Aduana, sin contar con interesados en adquirirlo. En 1890 se pretendió llevarlo a una subasta pública para cubrir los gastos del depósito. Advertido Veiga, hace saber que el mismo había sido donado al Estado, por lo que no había generado gasto alguno.
En Maldonado -mientras tanto- llegaba a su fin la construcción de la Iglesia, después de un siglo. Es entonces que la Junta Económica Administrativa decide adquirir un altar apropiado para el nuevo templo. Luego de un llamado a licitación, se acepta el de menor precio, que resultó ser uno de pésima calidad, viejo y apolillado. Ésto despertó duras críticas entre la población fernandina. Dado el descontento general, se decide obtener el Altar premiado de Veiga, en carácter de donación. En 1893, por una gestión exitosa de los señores Juan Gorlero, Elías Devincenzi (Jefe Político del Departamento), Nicolás Granada (Diputado por Maldonado) y Francisco Martínez, se logra que el General Santos acceda a la solicitud.
El largo peregrinar del atar finaliza en la Aduana de Maldonado hasta 1894, aguardando una nueva licitación para el correspondiente montaje y ubicación definitivo. Seis fueron los oferentes, eligiéndose la del carpintero Pedro Decaux. La propuesta de Veiga llegó fuera de plazo, no obstante Decaux lo subcontrató para la adaptación de la obra a las medidas del templo, la reposición de molduras, esculturas y acabado final.
En 1896 es colocada la imagen de la Virgen del Carmen en el Altar Mayor. La misma había pertenecido al vapor español "Ciudad de Santander", naufragado en proximidades de la Isla de Lobos en 1895. Se supo en Maldonado que ante la inminencia del naufragio, los tripulantes corrieron ante la imagen de la Virgen, protectora de los marinos e hicieron voto de colocarla en la iglesia más próxima si los libraba de la muerte. La imagen retornó a España junto a otros bienes recuperados del naufragio. Mediante solicitud expresa al rey de España, que cediera la imagen para la nueva Iglesia de la ciudad. Con una respuesta favorable, imagen de la Virgen retornó a Maldonado.
En octubre de 1896 se instaló en el Altar Mayor, junto al óleo de Carlos de Santiago que reproduce el vapor "Ciudad de Santander".
Dirección: 18 de Julio entre Florida y 25 de Mayo, Maldonado
Intendencia de Maldonado Edificio Comunal, Acuña de Figueroa y Burnett